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在農(nóng)業(yè)的部獲得登記的生物有機肥生產(chǎn)企業(yè)，基本上以從事微生物肥料生產(chǎn)為主，在發(fā)酵生產(chǎn)工藝上，多采用槽式堆置發(fā)酵法，還有其他的發(fā)酵方法，如：平地堆置發(fā)酵法、發(fā)酵槽發(fā)酵法、密封倉式發(fā)酵法等在生產(chǎn)中也得到了應(yīng)用。在發(fā)酵腐熟過程中物料的水分、碳氮比、溫度等的調(diào)節(jié)及腐熟劑的使用是生產(chǎn)工藝的關(guān)鍵，特別是菌劑的應(yīng)用直接影響著物料發(fā)酵的周期及腐熟程度。經(jīng)過腐熟的物料基本實現(xiàn)了產(chǎn)品的無害化，從而也有利于后處理過程中所加入功能菌的存活。

微生物菌是生物有機肥料產(chǎn)品的核心，在生產(chǎn)過程中，一般有兩個環(huán)節(jié)涉及到微生物的使用：

一是在腐熟過程中加入促進物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌劑，其多由復(fù)合菌系組成，常見菌有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放線、青霉、木霉等；

二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸鹽細菌、乳酸菌、假單胞菌、放線等為主，在產(chǎn)品中發(fā)揮特定的肥料效應(yīng)。因此，對生物有機肥生產(chǎn)來說，微生物菌的篩選、使用是一項核心技術(shù)，只有掌握了這一項關(guān)鍵技術(shù)，才能加快物料的分解、腐熟，以及保證產(chǎn)品的應(yīng)用效果。

生物有機肥就是含有活性有益菌即特定功能微生物且有機質(zhì)含量達到40%的生物質(zhì)肥料。生物有機肥也叫微生物菌肥，是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中使用的肥料制品的一種，與化學(xué)肥料、有機肥料、綠肥性質(zhì)不同，它是利用微生物的生命活動及代謝產(chǎn)物的作用，改善作物養(yǎng)分供應(yīng)，向農(nóng)作物提供營養(yǎng)元素、生長物質(zhì)、調(diào)控其生長，達到提高產(chǎn)量和品質(zhì)，減少化肥使用，提高土壤肥力的目的。

生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來源并經(jīng)無害化處理、腐熟的有機物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應(yīng)的肥料。生物有機肥對實現(xiàn)資源節(jié)約型、環(huán)境友好型社會具有重要意義，是實現(xiàn)農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展的必然選擇。當(dāng)前世界農(nóng)作物化肥施用量為120 kg/hm2， 中國農(nóng)作物化肥施用量為328.5 kg/hm2，遠高于世界平均水平?；蔬^量施用、盲目施用帶來了成本的增加、環(huán)境的污染、土壤的退化等一系列問題。